Saat setelah Jin pergi daripada Hon-Maru (yang merupakan penamat kanonik daripada prekuel), helikopter mula mendekati Dojo. Bunyi bising menyebabkan Heihachi dan Kazuya bangun dan beberapa saat kemudian, satu skuadron Jack-4 meletup melalui dinding. Sasaran Jack 4 ialah Heihachi dan Kazuya.Kazuya dengan cepat membuat kesimpulan bahawa mereka telah dihantar oleh G Corporation yang tidak perlukan lagi Kazuya dan sekarang inginkan dia mati.

Heihachi dan Kazuya bertarung melawan Jack 4 dan menurunkan bilangan Android bersama-sama. Tetapi Heihachi mula kehilangan kekuatannya. Kazuya mengambil kesempatan melalui ini.Dia membaling ayahnya ke arah sekempulan Jack 4 dan kemudian menerkam dirinya sementara Devil Kazuya melarikan diri di dalam kemenangan. Beberapa saat kemudian, Hon-Maru meletup. Saksi letupan tersebut adalah agen misteri berpakaian hitam yang dikenali sebagai Raven.Dia menyatakan Heihachi telah mati dalam alat komunikasinya. Raven diserang oleh Jack 4 dengan yang dia membelahnya menjadi setengah.

Keesokan harinya, kematian Heihachi telah dinyatakan di seluruh dunia (tidak diketahui oleh semua orang bahawa Heihachi masih lagi hidup) dan semua orang meramalkan pengakhiran bagi Mishima Zaibatsu. Namun, orang lain telah mengambil alih syarikat dan perniagaan berjalan seperti biasa. Dua bulan kemudian, King of Iron Fist Tournament 5 diumumkan.

Sementara itu, Devil Gene Jin Kazama akan mengamuk dan ia memutuskan untuk mencari siapa yang bertanggungjawab untuk perubahan tersebut dengan menyertai perlawanan. Kazuya juga memasuki pertandingan untuk mengetahui siapa yang di dalam G Corporation menghantar Jack 4 untuk cuba membunuhnya dan membalas dendam.

Sebagai Jin dan Kazuya dalam proses melalui perlawanan, akhirnya penaja rahsia pertandingan ini telah terungkap: Jinpachi Mishima iaitu ayah Heihachi dan yang telah hilang selama lima puluh tahun. Ternyata, Jinpachi adalah pengasas Mishima Zaibatsu dan merupakan pakar seni bela diri yang dihormati sehingga anaknya yang tamak, Heihachi mencuri syarikat daripadanya dan dia dipenjarakan di bawah tanah Hon-Maru selepas Jinpachi membina Coup d'état(Heihachi memerintah syarikat menjadi industri tentera dimana sesuatu yang Jinpachi memepercayai tidak benar). Jinpachi selepas itu meninggal kerana kelaparan sehingga Iblis mengambil alih fikiran dan diberikan kepadanya keabadian (sama seperti Devil Gene) dan Jinpachi akhirnya bebas daripada dipenjara ketika Jack 4 memusnahkan Hon-Maru. Segingga sekarang, Devil Gene secara perlahan mengambil alih fikiran Jinpachi dan Jinpachi telah mengumumkan perlawanan dengan harapan bahawa seseorang akan membunuh dia dan menamatkan kekuasaannya keganasan sebelum ia bermula.

Pada akhirnya, Jin berjaya ke peringkat akhir dan menghadapi datuknya di dalam bentuk syaitan dalam pertempuran. Pada akhirnya, Jin berjaya mengalahkan Jinpachi yang larut menjadi debu dan menghilang, keinginannya telah dipenuhi. Jin sekarang merupakan pemilik baru Mishima Zaibatsu.